冲绳美丽海水族馆馆内共有77个可供观赏的水族箱。主水族箱“黑潮之海”贯穿了水族馆的一、二两层，是世界最大的饲养鲨鱼用的水槽。水族箱的展示窗口高8.2米、宽22.5米、厚60厘米，可以清晰观赏体长达7.5米世界上最大鱼类的鲸鲨在其中游弋和进食的景象。
冲绳美丽海水族馆展示了冲绳神秘莫测的海洋生物世界。可以触摸海星、海参等生活在珊瑚礁中的海洋生物，也可以在剧场欣赏展示冲绳从海岸到远海中生活着的各种生物和生态系统、揭示冲绳人和海洋之间联系的影片。珊瑚之海波光粼粼，蕴含800多个珊瑚种群。
黑潮之海中游弋着全世界最大的鱼类：鲸鲨，还有全球第一条成功人工培养的前口蝠鱝。此外，深层之海再现冲绳的神秘深海世界，进一步体验冲绳海的魅力。